Los más antiguos datos históricos de Trespaderne corresponden a mediados del siglo XI. En aquellos años la mayor parte del pueblo era donado al cercano monasterio de Oña, aunque uno de sus barrios (San Millán) sería de los monjes de Nájera. Desde dicho siglo habrá en el pueblo un alcalde nombrado por el abad de Oña que conocerá en primera instancia. Todos los aspectos administrativos lo serán con el visto bueno del abad, por ejemplo, la aprobación de unas interesantes ordenanzas del año 1500 que, en adelante, regularían la vida municipal. En segunda instancia se acudió al alcalde mayor de Oña, también nombrado por los monjes. En otros aspectos más amplios, fuera de la competencia municipal, conoció el alcalde y merino de Medina de Pomar. Y en última instancia se acudió al Adelantamiento de Burgos y, más frecuentemente, a la Chancillería de Valladolid. El alfoz de Tejada (Trespaderne) se integra a comienzos del siglo XIII en la extensa Merindad de Castilla la Vieja y, dentro de ella, en la menor de Cuesta Urria. Todo ello tendría como finalidad solucionar con mayor eficacia ciertas cuestiones generales del reino como las tocantes a contribuciones ordinarias y especiales, milicias, caminos, guerras...
La capital de la Merindad de Castilla la Vieja lo fue Medina de Pomar y, desde 1560, Villarcayo. El centro administrativo y de reunión de la Merindad menor de Cuesta Urria se convino en que lo fuera Nofuentes. Todos los sellos y escudos de dichas merindades y villas coinciden, en buena parte, con el que aquí proponemos para Trespaderne y han sido tenidos en cuenta a la hora de confeccionar y fijar este último. Mientras que Trespaderne prosperó mucho en el siglo XVIII, No fuentes debió de quedarse un tanto rezagado. Por ser únicamente “costumbre” el reunirse en esta última, Trespaderne comenzaría a disputarle la capitalidad. Y más todavía tras la segregación de la Merindad de Cuesta Urria, en 1734, del resto de las siete Merindades menores, como lo que las competencias de Villarcayo las asumiría la propia Merindad.
Momentáneamente sería construida una Casa de Juntas en Trespaderne. Después el Consejo Real ordenaría que fuera levantada otra en Nofuentes y que allí continuara la capital. El edificio de Trespaderne serviría, en adelante, como centro de reunión del concejo local, primera base de su independencia municipal. Y más cuando unos años después las Cortes de Cádiz suprimen los señoríos. Con ello Trespaderne nada tendrá que ver con el alcalde de Oña y sus vecinos nombrarán a los delegados y autoridades. A comienzos del siglo XIX, la Merindad de Cuesta Urria se fragmenta en Ayuntamientos. Pero hasta 1872 no se formaría el de Trespaderne con ciertos pueblos del contorno. A estos se agregarían, posteriormente, algunos lugares del valle de Tobalina. También existieron intentos de fusionarse con el municipio de Cillaperlata.